Se fundó el 14 de julio de 1998 con Miquel Jaume de presidente. El club comenzó a competir aquella misma temporada, campaña 1998/99, en Primera Nacional B consiguiendo el campeonato de su grupo y el consecuente ascenso de categoría a Primera Nacional A. Los éxitos llegaron bien pronto para la recién creada entidad ya que apenas estuvo un año para volver a ascender a la División de Plata. En dos años el club pasó de nacer a plantarse en la segunda división del fútbol sala nacional.
- Los primeros años
El Palma Futsal comenzó como un proyecto humilde y formado por un grupo de gente con muchas ganas de trabajar para conseguir una entidad deportiva respetada y que se convirtiese en una referencia de la comarca de Manacor. En los primeros años, el club consiguió alcanzar cotas elevadas convirtiéndose en el primer equipo de cualquier deporte en la comarca de Manacor en militar en una categoría nacional. La entidad deportiva dio un cambio definitivo hacia la profesionalización en la temporada 2005/06 con la llegada al banquillo del ex futbolista internacional José Lucas Mena “Pato”. La apuesta por un entrenador de renombre supuso la llegada de jugadores importantes al conjunto balear que pasó de luchar por la permanencia a intentar ascender a la División de Honor.
- El ascenso a División de Honor
El club compitió durante nueve años en la División de Plata hasta que en el año 2008 tocó la gloria con el ascenso a División de Honor por primera vez en su historia, un hecho histórico para el deporte balear. La experiencia duró una temporada, la campaña 2008/09, ya que el equipo quedó colista de la categoría y regresó de nuevo a la División de Plata. Tras un año en la categoría de plata, el club regresó a División de Honor hasta día de hoy. En la mejor liga del mundo ha conseguido disputar cuatro veces el play-off por el título de Liga. Su mejor resultado fue en las temporadas 2.014/15 y 2.015/16 en las que alcanzó las semifinales del play-off por el título cayendo en las semifinales ante el Movistar Inter al que forzó a la tanda de penaltis en la última temporada y estuvo a un penalti de meterse en la final.
En la temporada 2.015/16 obtuvo el mejor resultado de su historia al clasificarse para la final de la Copa del Rey tras derrotar al Movistar Inter en los cuartos de final y al F.C. Barcelona Lassa en las semifinales y ganando los dos partidos al conjunto azulgrana para meterse en la final. La final se disputó en Sevilla y el Palma Futsal perdió en la prórroga ante ElPozo Murcia tras acabar el partido con empate a dos goles. Un tanto del exjugador balear Miguelín privó a los isleños de conseguir el primer título de su historia en una competición de primer nivel.
